비영리 법인의 토지 등 양도소득에 대한 법인세액

사회복지법인 등의 비영리 법인이 토지 등의 부동산을 양도할 경우에 양도소득세를 납부해야 하는지에 대하여 궁금할 수 있는데요. 우선 결론적으로 말하자면 비영리 법인이라도 토지 양도로 인해 양도소득이 발생하면 그에 대한 양도소득세 또는 법인세가 부과됩니다. 이러한 세금은 사업용 토지(고유목적에 사용하던 토지)를 양도하였을 경우와 비사업용 토지를 양도하였을 경우가 각각 달리 적용됩니다.

 

참고사진 (pixabay,D F)

 

□ 양도소득에 대한 법인세 납부 규정

 

비영리내국법인, 국내원천소득이 있는 외국법인은 법인세법 제55조의 2의 규정에 따라 토지 등 양도소득이 있는 때에는 법인세를 납부하여야 한다.(법인세법 제3조 제1항) 따라서 비영리 법인이 고유목적사업에 3년 이상 사용한 토지를 양도하는 경우 각 사업연도의 소득금액에는 제외되더라도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 납부의무가 부과된다. 또한 비영리법인의 양도소득과세특례가 적용되어 법인세 대신 양도소득세를 신고납부하는 경우에도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 납부의무가 추가로 존재한다.

 

 

□ 양도소득에 대한 법인세 과세대상 및 세율 

 

토지 등 양도소득에 대한 법인세의 과세대상, 양도소득 산출방법 및 세율은 다음과 같다. 

 

● 토지 등 양도소득에 대한 법인세액은 토지 등의 양도금액에서 양도당시의 장부가액을 차감한 잔액에 세율을 곱하여 계산한다.

토지 등 양도소득에 대한 법인세 산출세액 = (양도금액 - 장부가액) × 세율

 

● 법인세 부과율은 양도시기에 따라 각각 달리 적용합니다. 이경우 하나의 자산이 다음 각 과세대상 중 2 이상에 해당하는 때에는 그중 가장 높은 세액을 적용한다. 

 

과세대상 자산	세율
	09.1.1~12.12.31. 양도자산	13.1.1~13.12.31. 양도자산	14.1.~ 양도자산
투기지역에 있는 부동산  · 지정지역에 있는 주택 · 지정지역에 있는 비사업용 토지 · 지가급등지역에 있는 부동산	10%	30% (미등기 40%)	10% (미등기 40%)
투기지역 외의 주택	비과세
투기지역 외의 비사업용 토지	비과세

 

 

□ 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례

 

비영리내국법인(수익사업을 영위하는 비영리내국법인은 제외)이 토지, 건물 또는 양도소득세 과세대상 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는 「법인세법」 제60조 제1항의 규정에 불구하고 법인세 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 법인세 과세표준을 신고하지 아니한 소득은 각 사업연도의 소득금액 계산에 이를 포함하지 아니하며, 이에 대해서는 「소득세법」 중 양도소득세의 규정을 준용하여 산출한 과세표준에 양도소득세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 

 

● 과세특례의 방법

 

비영리법인이 수익사업을 영위하지 않는 경우에는 법인세 신고의무는 없으나 수익사업을 영위하는 경우에는 당해 수익사업에서 발생한 소득금액에 대하여 법인세를 신고납부하여야 한다. 따라서, 사업소득이 없는 비영리내국법인이라 하더라도 자산양도소득이 발생하게 되면 일반법인과 같이 법인세의 제반 납세의무를 이행하여야 하는 것이 원칙이다.

 

그러나 사업소득이 없는 비영리법인의 사산양도소득에 대하여는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 대신에 소득세법상의 양도소득세 상당액을 부과할 수 있게 함으로써 납세절차를 간소화하고 있다.(법인세법 제62조의 2)

 

따라서 자산양도에 따른 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 중 양도소득세의 규정을 준용하여 산출한 과세표준에 양도소득세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

 

즉, 사업소득이 없는 비영리법인은 자산양도소득에 대하여 다음의 둘 중 하나를 선택하여 납부할 수 있다.

 

① 법인세법의 규정에 의한 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 신고납부하는 방법

② 소득세법의 규정에 의한 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하는 방법

 

 

● 과세특례시 주의하여야 할 사항

 

1) 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 원천적으로 과세되지 않음.

 

2) 동일한 사업연도의 양도자산 중 일부 자산은 법인세법의 규정을 따르고 일부 자산만 특례규정을 적용 받을 수 없다. 즉, 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 양도한 자산 전부에 대해 특례규정을 적용받거나 아니면 전부 각 사업연도 소득금액에 포함시켜 법인세 납부의무를 부담하여야 한다.(법인세법 시행령 제99조의 2 제2항)

 

3) 의료법인은 수익사업 영위 비영리내국법인이므로 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례의 적용을 받을 수 없다.

 

4) 소득세 예정신고기간이 경과된 자산이 있는 경우 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하여야 하며 소득세법 제105조 규정에 의하여 신고·납부한 세액은 기납부세액으로 공제하여야 한다.

 

5) 비영리내국법인이 법인세법 제62조의 2의 규정에 의해 자산양도소득을 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 소득세법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 법인세법 제55조의 2를 적용하지 아니한다. 따라서 자산양도소득에 대하여 소득세를 준용하여 신고납부하는 경우에도 원칙적으로 법인세법 제55조의 2에 해당하는 토지 등 양도소득 법인세를 추가로 납부하여야 한다.

 

 

□ 양도소득세 상당액의 계산

 

● 과세표준의 계산

 

과세특례에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대한 과세표준은 소그세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한다. 따라서, 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(양도가액)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제 및 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다.

 

양도소득 과세표준 계산식

 

● 세액의 계산

 

상기 계산식에 의해 산출한 과세표준에 소득세법 제104조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 금액을 법인세로 납부한다. 이 경우 동법 동조 제4항의 규정에 의하여 양도소득세율의 10%의 세율을 가산하여 적용하는 경우에는 법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.(법인세법 제62조의 2 제2항)

 

 

● 양도가액(소득세법 제96조)

 

소득세법 제96조 및 제97조의 규정에 따라 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액으로 계산함을 원칙으로 한다.

 

비영리법인의 자산을 양도하는 경우로서 다음의 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다. <개정 2012. 1. 1., 2016. 12. 20., 2018. 12. 31.>

 

1. 「법인세법」 제2조제12호에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 “특수관계법인”이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액

 

 

● 양도소득의 필요경비 계산(소득세법 제97조)

 

 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. <개정 2020. 6. 9.>

 

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

    가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

         (취득원가, 소송비용 화해비용, 이자상당액, 합병 시 교부받은 주식 원가 등)

   나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

 

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

   (즉시상각 의제비용, 소득금액 계산에서 제외한 소송비용화해비용, 공익사업 토지수용 등에 의한 소송비용화해비용, 철거비용, 개발부담금, 재건축부담금 등)

 

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

   (증권거래세, 양도소득세과세표준 신고서 작성 및 계약서 비용, 공증비용, 인지대 및 소개비, 명도비용 등)

 

 

● 양도차익의 산정(소득세법 제100조)

 

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. <개정 2019. 12. 31.>

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. 

 

 

● 장기보유특별공제

 

※ 장기보유특별공제에 대한 내용은 소득세법 제95조 참조 바람.

 

 

● 양도소득 기본공제(소득세법 제103조)

 

양도소득이 있는 거주자에 대해서는 해당 과세기간의 양도소득금액에서 각각 연 250만원을 공제한다.

제103조(양도소득 기본공제) ① 양도소득이 있는 거주자에 대해서는 다음 각 호의 소득별로 해당 과세기간의 양도소득금액에서 각각 연 250만원을 공제한다. <개정 2014. 12. 23., 2020. 12. 29.> 1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 소득. 다만, 제104조제3항에 따른 미등기양도자산의 양도소득금액에 대해서는 그러하지 아니하다. 2. 제94조제1항제3호에 따른 소득(2025. 1. 1. 적용제외) 3. 제94조제1항제5호에 따른 소득(2025. 1. 1. 적용제외) 4. 제94조제1항제6호에 따른 소득 ② 제1항을 적용할 때 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따른 감면소득금액이 있는 경우에는 그 감면소득금액 외의 양도소득금액에서 먼저 공제하고, 감면소득금액 외의 양도소득금액 중에서는 해당 과세기간에 먼저 양도한 자산의 양도소득금액에서부터 순서대로 공제한다. ③ 제1항에 따른 공제를 “양도소득 기본공제”라 한다.

 

 

● 양도소득세율(소득세법 제104조)

 

※ 비사업용토지의 양도소득세율

양도소득과세표준	세율
1,400만원 이하	16퍼센트
1,400만원 초과 5,000만원 이하	224만원 + (1,400만원 초과액  × 25퍼센트)
5,000만원 초과 8,800만원 이하	1,124만원 + (5,000만원 초과액 × 34퍼센트)
8,800만원 초과 1억 5천만원 이하	2,416만원 + (8,800만원 초과액 × 45퍼센트)
1억 5천만원 초과 3억원 이하	5,206만원 + (1억 5천만원 초과액 × 48퍼센트)
3억원 초과 5억원 이하	1억 2,406만원 + (3억원 초과액 × 50퍼센트)
5억원 초과 10억원 이하	2억 2,406만원 + (5억원 초과액 × 52퍼센트)
10억원 초과	4억 8,406만원 + (10억원 초과액 × 55퍼센트)

 

☞ 미등기양도자산의 세율은 양도소득 과세표준의 100분의 70퍼센트를 부과함

 

 

● 비사업용 토지의 기간기준

※ 비사업용 토지의 기간기준(법인세법 시행령 제92조의 3) 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간    가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간    나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간    다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간    가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간    나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간    다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.    가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간    나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.